南京航空航天大学审计处是学校主管内部审计工作的职能部门，依照国家的方针、政策、财经经济法规和上级及学校的有关规章制度，在校长领导下，对各院、系、各职能部门、各生产经营单位的财务收支及有关的经济活动的真实性、合法性及其经济效益进行审计监督，向校领导报告工作。
    全处设有财务审计室、工程审计室。在编人员6名，其中处长1名、副处长1名、科级审计员2名，科员2名。